1933年春，严朴奉命撤离上海到了中央苏区。开始在中央苏区的新泉贸易公司工作，“福建事变”时被派驻福州任苏区商业代表。回苏区后，任国民经济部副部长。1934年10月，严朴抱病参加长征。长征途中，因病重被转至宜昌养病，后负责重庆、宜昌秘密交通站工作。1935年秋末，他被党组织派赴苏联列宁学院学习。1938年春回国，历任中共中央组织部二科科长，西安、重庆八路军办事处秘书长、二科长等职务。1945年4月，严朴出席了党的第七次代表大会。抗战胜利后，党派他到东北工作，任东北工业委员会党委书记、黑龙江省民政厅长等职务。

1949年春，严朴奉命到了北平（北京），正当他准备接受新的任务南下时，因早年在敌人监狱受过酷刑，加上长期的艰苦工作，不幸患重病住进医院，于6月5日在北平逝世，享年52岁。

严朴逝世后，和严朴患难与共的老战友陈云亲自为他撰写了《严朴同志传略》，刊载在1949年6月9日的《人民日报》上，称颂严朴“为劳动人民的解放事业忠心耿耿，二十五年如一日”，指出“他的去世是中国革命的一个损失”，“但他钢铁般的意志、奋斗不屈的革命精神是永存不朽的”。“文化大革命”中有人扬言要挖严朴的坟，要抛他的尸骨，周总理知道后十分气愤，专门给有关部门写了近300字的批示：“……严朴同志是好党员、好同志，我与他共事二十年，我深知他。……三少爷毁家闹革命，尽人皆知……”从而保护了严朴烈士的忠骨。

严朴的这副眼镜，是他上世纪30年代在上海从事地下工作时使用的。照相机和印章也是他的生前遗物。这张证号为NO甲0991的“记名定期免费乘车证”，是1946年7月15日由东北铁路总局发给时任黑龙江省政府民政厅长严朴使用的，免费乘车时段为1946年7月15日至1947年6月30日。在该乘车证背面还有5条注意事项，其中有“本证限于票面记载之本人一人使用，不得转借他人”“持用本证乘车人员均须座于旅客列车挂之军用车上，不得混乘于旅客车内”“持用本证之人员必须遵守铁路规章”等规定。